La Contraloría General de la República emitió una alerta sobre la situación administrativa y financiera de la Nueva EPS, luego de un operativo de policía judicial realizado en julio de 2025. En la diligencia se recaudaron 4.524 archivos correspondientes a las vigencias 2022, 2023, 2024.
De acuerdo con la Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (Diari), el análisis preliminar evidenció irregularidades en la gestión de anticipos, la facturación de servicios de salud, la contratación de prestadores y la constitución de reservas técnicas. Estos hallazgos plantean riesgos fiscales y de sostenibilidad para una entidad que cubre alrededor del 22% de la población afiliada al sistema de salud.
Uno de los puntos críticos detectados es el incremento en los anticipos pendientes por legalizar. Entre 2023 y 2024, el valor pasó de $3,4 billones a $8,6 billones, lo que representa un aumento del 155%. En el primer semestre de 2025, la cifra se elevó a $15,27 billones, con $6,6 billones adicionales respecto al cierre de 2024.
“La acumulación de anticipos sin legalizar compromete la liquidez institucional y aumenta el riesgo de un posible detrimento patrimonial, especialmente en aquellos que superan los dos años, que suman $143.000 millones”, señala el informe.
- La Contraloría también alertó sobre el elevado volumen de facturas sin procesar. Según la información entregada por la EPS, existen 22,7 millones de registros por un valor de $22,1 billones. Sin embargo, en la verificación inicial se identificaron más de 9,1 millones de facturas repetidas, equivalentes a $8,9 billones. Excluyendo esos duplicados, persisten $13,2 billones pendientes por revisión.
El 37,1% de esas facturas corresponde a la vigencia 2024 y el 59,9% al primer semestre de 2025, lo que indica que el 97% de las obligaciones aún no han sido revisadas. El ente de control advirtió que esta situación genera inconsistencias contables y financieras, al no verificarse aspectos esenciales como la pertinencia del costo, el cumplimiento contractual o la validez de los soportes. Además, se identificó que 36 prestadores concentran el 40% del valor total pendiente por procesar, equivalente a $5,2 billones.
El operativo también encontró deficiencias en la documentación de los contratos. La entidad no aportó soportes completos que acrediten el cumplimiento de los requisitos mínimos establecidos en el Decreto 441 de 2022. En varias carpetas contractuales no se hallaron copias de contratos, notas técnicas, anexos ni otros documentos exigidos por la normativa.
En relación con las cuentas por pagar, la Contraloría estableció que, a marzo de 2025, estas ascendían a $21,37 billones. La cifra incluye $10,5 billones en anticipos pendientes por legalizar y $8,7 billones en facturas aún sin procesar. “La tendencia refleja un desequilibrio entre ingresos y egresos que podría llevar a restricciones en la prestación de servicios y afectar la estabilidad financiera de la entidad”, se advirtió en el informe.
En materia de reservas técnicas, el análisis preliminar evidenció con corte a diciembre de 2024 una subestimación del pasivo por $11,1 billones. Asimismo, no se encontraron soportes suficientes de autorizaciones y facturas en el detalle de las reservas, lo que plantea dudas sobre la solidez financiera de la EPS para cubrir sus obligaciones.
La Contraloría destacó además la falta de capacidad tecnológica de la Nueva EPS para garantizar la calidad de los datos en la gestión de recursos. Pese a la normatividad vigente que exige sistemas de información robustos, la entidad no acreditó plataformas suficientes para ejercer control oportuno y preciso sobre el procesamiento de información.